Волшебник по имени Фудзимото, напоминающий по своему облику и манерам смешение Хаула с его склонностью к алкоголю и капитана Немо, обитает на морском дне. Он стремится возвратить Землю в кембрийский период, эпоху, когда мировой океан был обширнее, а человечества ещё не существовало. В своих намерениях он не одинок, воспитывая стаю русалок, среди которых выделяется его дочь от богини морей. Его дочь, несмотря на молодой возраст, обладает сильным духом независимости, сумеет вырваться из-под отцовского присмотра, дойдёт до берега, где познакомится с пятилетним мальчиком, оценит вкус ветчины и захочет стать человеком. Это стремление к превращению русалок в людей нарушит мировой порядок, втянув мир в апокалипсис, из которого его постараются вытащить тот же Фудзимото вместе с богиней моря. В этом им окажет помощь мальчишка с утёса, а в его стремлениях будут поддерживать его группа бабушек, ранее проживавших в доме престарелых, теперь же с радостью прыгающих по морскому дну.
Миядзаки часто выводит мир на грань катастрофы, но столь масштабно делает это, пожалуй, впервые: всемирный потоп, время возвращается вспять, Луна сталкивается с Землёй. У Миядзаки апокалипсис превращается в прекрасный предлог для приключений: спасательные меры напоминают соревнования по гребле, упомянутые бабушки изучают морские глубины и населяющих их существ, будто это управление концом света поручено самому японскому режиссёру. Но это также способ понять, готов ли ты обменять магию и способность вызывать бури на простые человеческие радости, как ветчина, не устрашится ли тебя мир морских сказаний о русалках и водяных.
В данном произведении персонажи водяных не таковы, какими кажутся, и апокалипсис не является конечной точкой, стоит разобраться с ветчиной и запомнить новых рыб. Главные герои, мальчик и девочка, по большей части заняты обсуждением окружающих их предметов. Когда мир заболевает безумием, важно не испугаться, а открыть его заново. То же самое и с привязанностью: слово может показаться официальным, но всё же предпочтительнее простому "любви" или "дружбы", определённость в этом есть. Прелесть отношений главных детей в "Рыбке Поньо" в том, что они пока не определены словами, и, возможно, так и останется, на что боги, вероятно, посмотрят с милосердием, ведь им конец света ни к чему.
Относительно богов, стоит упомянуть, что Миядзаки в этот раз допустил нехарактерную для себя ошибку, в его произведениях, где силы природы обычно предстают в образе Тоторо или загадочного оленя, вдруг появляется морская богиня эпических масштабов с неизбежным пафосом в каждом движении. Но это не умаляет значимости произведения: ведь в одной из сцен маленькая рыбка-девочка, ещё известная как Брунгильда, будет пересекать бурные волны под "Полёт валькирий", демонстрируя заразительную улыбку Миядзаки. Такой эпизод позволяет даже пригласить в анимационный фильм весь скандинавский пантеон богов.
